Rất nhiều căn nguyên gây viêm phế quản cấp đã được ghi nhận, các căn nguyên phổ biến bao gồm:

1. Viêm phế quản cấp do vi-rút

- Viêm phế quản cấp do virút chiếm 50-90% các trường hợp viêm phế quản cấp. Người ta đã ghi nhận có trên 180 virút gây bệnh.

- Các virút thường gặp nhất gây viêm phế quản cấp là các virút cúm, các rhinovirus, coronavirus (gây dịch SARS), virút cúm gia cầm (H5N1), virus đại thực bào hô hấp, adenovirus, enterovirus (coxsackie và echovirus) và một số chủng herpes virus (cytomegalovirus, varicellae).

- Biểu hiện lâm sàng của các trường hợp này thường không đặc hiệu.

- Chẩn đoán xác định căn nguyên virút dựa vào việc tìm thấy virút ở các bệnh phẩm đường hô hấp (ngoáy họng, đờm, dịch phế quản) qua nuôi cấy tế bào, kỹ thuật hiển vi miễn dịch huỳnh quang hoặc huyết thanh chẩn đoán, nhưng trên thực tế không làm trừ trong các vụ dịch lớn.

2. Viêm phế quản cấp do vi khuẩn

- Viêm phế quản cấp do vi khuẩn ít gặp hơn các trường hợp viêm phế quản cấp do virút.

- Trong số các vi khuẩn gây viêm phế quản cấp thường gặp nhất là nhóm các vi khuẩn không điển hình, trong tế bào như Mycoplasma và Chlamydiae, các vi khuẩn gây mủ hiếm gặp hơn.

- Các trường hợp nhiễm khuẩn do Mycoplasma pneumoniae biểu hiện bằng viêm phế quản ở 25% các trường hợp (viêm mũi họng đơn thuần chiếm 60%, viêm phổi chỉ chiếm 5%). Mycoplasma pneumoniae và Chlamydiae pneumoniae là nguyên nhân của 25% các trường hợp viêm phế quản cấp.

- Tuy nhiên, tỷ lệ chính xác viêm phế quản cấp do các căn nguyên này khó xác định do người ta không làm các huyết thanh chẩn đoán, ngay cả ở các nước phát triển.

- Viêm phế quản cấp do phế cầu và Hemophillus influenzae thường ít gặp ở người lớn, hay đi kèm với sốt và các dấu hiệu ngoài đường hô hấp. Xét nghiệm vi khuẩn thường âm tính ở 80-95% các trường hợp viêm phế quản cấp và cũng chỉ có chỉ định ở một số trường hợp nặng, khi điều trị thông thường không có kết quả.

3. Viêm phế quản cấp do hít phải hơi độc

- Hít phải khí SO2, clo, amoniac, axít, dung môi công nghiệp, hơi độc chiến tranh, khói cháy nhà cũng gây viêm phế quản cấp.